Combat Knife: Vũ khí cận chiến đơn giản. Dùng để phá thùng hay chống lại các kẻ thù yếu như Headcrab, Zombie. Tốc độ tấn công khá nhanh.
Pipe Wrench: Vũ khí cận chiến đầu tiên của Shephard. Có thể giữ để tăng sát thương, uy lực khá mạnh. Tốc độ tấn công chậm.
Beretta M9: Súng lục cơ bản. Khá chính xác và có tốc độ bắn trung bình, có thể bắn được dưới nước. Nó cũng thường được các nhân viên an ninh sử dụng nên đạn luôn được cung cấp rất nhiều trong game.
.357 Magnum (Desert Eagle): Có 2 chế độ, chế độ thông thường có tốc độ bắn nhanh nhưng độ chính xác thấp, chế độ 2 bật laser tăng độ chính xác nhưng giảm tốc độ bắn. Uy lực khá mạnh. Lượng đạn khá khan hiếm.
9mm SMG (MP5): Đây là khẩu tiểu liên tự động với tốc độ bắn cao, đạn dồi dào nhưng sát thương yếu và độ chính xác kém. Đi kèm với nòng phóng lựu. Là vũ khí chính của lính HECU. Nó sử dụng chung đạn với Glock 17.
M16/M203: Súng trường tấn công có tốc độ bắn rất nhanh, nhiều đạn nhưng sát thương thấp, được gắn cùng với ống phóng lựu M203. Là vũ khí của lính HECU.
Spas 12 Shotgun: Khẩu súng với uy lực khủng khiếp ở tầm gần. Tốc độ bắn trung bình, có thể bắn 2 viên cùng lúc, với phát bắn đôi này có thể hạ được nhiều kẻ địch đứng gần nhau trong nháy mắt. Được mệnh danh là .357 Magnum tầm ngắn.
RPG: Khẩu súng chống tăng được sử dụng trong các trận đấu then chốt với máy bay, xe tăng, v.v. Uy lực cao, tầm sát thương lớn, đầu đạn khi đã bắn có thể điều khiển được bằng lazer, tuy nhiên số lượng có hạn: 5 phát.
Mk 2 Grenade: Là quả lựu đạn cầm tay, nó sẽ nổ sau 5 giây kể từ khi rút ngòi, độ nổ và sát thương ở mức trung bình, tối đa số lựu đạn bạn có thể nhặt là 10 quả.
Satchel Charge: Là quả bom hẹn giờ được cất trong ba lô, sức công phá và sát thương của nó lớn hơn với Mk 2 Grenade, và bạn có thể kích nổ nó từ xa bằng cách bấm chuột phải.
Tripmine: Vũ khí của HECU. Tên đầy đủ của nó là Hazardous Environment Combat Unit Laser Tripmine, là một của mìn có hình dáng giống với một chiếc máy ảnh. Khi đặt vào tường nó sẽ tự động bắn ra 1 tia laze màu xanh, bất cứ vật thể nào nếu chạm vào tia laze đó thì quả mìn sẽ tự động phát nổ. Sức công phá trung bình.
Shockroach: Là vũ khí bắn điện của Shockroach. Có thể tự hồi phục đạn tương tự Hivehand trong Half-Life.
Displacer Cannon (Project XV11382): Là một vũ khí dịch chuyển thử nghiệm. Lúc bắn thường sẽ bắn ra quả cầu năng lượng lớn sát thương trực tiếp lên kẻ địch. Trong singleplayer, chế độ đặc biệt giúp dịch chuyển Shephard tới Xen một cách dễ dàng. Sát thương của nó rất lớn
M40A1 Sniper Rifle: Khẩu súng trường bắn tỉa uy lực cực mạnh, với độ chính xác cao, đạn của nó cực kì hiếm.
Spore Launcher: Vũ khí sinh học được thuần hóa tách ra từ sinh vật ngoài hành tinh Race X, có thể bắn ra bom sinh học. Có 2 chế độ bắn.
Barnacle Grapple: Những nhà khoa học Black Mesa đã thử thuần hóa và gắn nó lên vật thể sống. Nó có thể giúp người chơi leo lên những nơi cao ráo.
Snark: Là một con bọ khi ném con bọ này ra nó sẽ chạy đến cắn người gần nó nhất. Nếu như không có mục tiêu nó sẽ quay lại tấn công người chơi. Thời gian tồn tại của snark là 20 giây. Sau khi chết nó sẽ phát nổ và văng ra acid.
M249 Squad Automatic Weapon: Đây là một khẩu súng mạnh được sử dụng bởi HECU. Tốc độ bắn cao, khi bắn liên tục nó sẽ khiến người chơi bị giật lùi. Thường dùng để giết Shock Trooper hoặc là Voltigore bởi sức mạnh và tính cơ động cao.
